Bonsái estilo abrazado a roca (Seki-joju)
En un suelo rocoso las raíces de los árboles se encuentran obligadas a buscar la tierra fértil que se encuentra en los huecos y fisuras. Las raíces están desnudas sobre las rocas, así que se cubren de una corteza parecida al tronco para protegerse del sol. Como las raíces que crecen sobre la piedra después se hunden en la tierra del tiesto el cuidado de este tipo de árbol no difiere del de otros estilos. En principio, el Bonsái puede tener muchas formas, pero algunos estilos parecen más naturales que otros. Se suelen utilizar arces para este estilo.
Bonsái estilo enraizado en roca (Ishisuki)
En este estilo los árboles crecen dentro de los huecos o fisuras de una roca, lo que significa que sólo hay un espacio muy pequeño donde pueden desarrollarse y absorber nutrientes. Por esto, los árboles que crecen dentro de una roca no deben dar la impresión de ser plantas sanas que crecen rápidamente sino al contrario deben dar la impresión que el árbol lucha para sobrevivir. Obviamente hay que regar y fertilizar regularmente ya que la capacidad de almacenamiento de agua y nutrientres en la tierra y dentro de la roca es muy pequeña. La roca dentro de la que crece el Bonsái se suele poner en una maceta plana que contiene agua o gravilla.
Bonsái estilo balsa (Ikadabuki)
A veces un viejo árbol derribado puede sobrevivir al hacer crecer sus ramas dirigidas hacia arriba. Para que ello suceda las raíces del viejo árbol deben proveer de suficientes nutrientes a estas ramas para realizar este esfuerzo. Al cabo de un tiempo, nuevas raíces crecen desde la parte inferior del tronco caído, asumiendo al final la función de las raíces originales. Las viejas ramas que crecían hacia arriba ahora se van haciendo más grandes y gruesas transformándose en troncos con múltiples ramas gracias al flujo de nutrientes de las nuevas raíces. Los nuevos troncos terminan por formar una copa única, tal y como en el estilo Yose-ue. Sin embargo, en el estilo balsa sí ve que los nuevos troncos emergen del tronco original.
Bonsái estilo raíces expuestas (Nebari)
En japonés: Nebari – Un aspecto muy importante de un Bonsái es su nebari (parte baja y ancha del tronco formada por el crecimiento y fusión de las raíces más superficiales), ya que la presencia de raíces superficiales dota al árbol de un equilibrio visual. La creación del nebari se puede llevar a cabo mediante dos métodos: mediante una poda periódica de las raíces que crecen directamente hacia abajo o mediante la técnica de propagación denominada acodo aéreo.