El arte del bonsái comenzó en China hace más de 1,000 años, según se informa durante la dinastía Han o Tang, y originalmente se conocía como «penjing» o siembra en bandejas. El objetivo del artista penjing era recrear un paisaje natural en un contenedor que incluía árboles enanos y colinas, valles, ríos y lagos en miniatura.
Con la llegada del budismo zen a Japón durante el período Kamakura entre 1185 y 1333, el bonsái se introdujo en la aristocracia japonesa como símbolo de prestigio y honor. Los japoneses se convirtieron rápidamente en maestros del cultivo de estos árboles retorcidos y enanos en contenedores, y el bonsái se convirtió en una forma de arte altamente desarrollada, especialmente durante los siglos XVII y XVIII. La tradición pronto llegó a la población general.
A mediados del siglo XIX, los viajeros a Japón trajeron bonsai al resto del mundo. La tercera Feria Mundial de París en 1878, junto con exposiciones adicionales en Londres, Viena y París, aumentaron el interés occidental en el bonsái. Y para el final de la Segunda Guerra Mundial, el arte del bonsái se hizo aún más popular. Los soldados regresaron a los Estados Unidos con árboles bonsai, y la población japonés-estadounidense en ese momento ayudó a enseñar el cultivo de bonsai a los estadounidenses.
Las exposiciones de bonsai en Japón también aumentaron el interés internacional en la tradición. En 1943, se llevó a cabo la primera exhibición de bonsai Kokufu-Ten. Este evento anual de ocho días se celebra cada mes de febrero en el Museo Metropolitano de Arte de Tokio y es la exposición pública de bonsai pública más antigua de Japón. El Kokufu-Ten es la exposición más prestigiosa del mundo, patrocinada por la Asociación Nippon Bonsai (NBA). Durante la Segunda Guerra Mundial, la exhibición no tuvo lugar durante cuatro años.
Durante la década de 1950, los libros sobre arte bonsai comenzaron a publicarse en inglés y otros idiomas. En 1952, Yuji Yoshimura, hijo de un experto en la comunidad japonesa de bonsái, colaboró con el autor y diplomático alemán Alfred Koehn para dar demostraciones y ofrecer los primeros cursos formales de bonsái en Tokio. El libro de Yoshimura de 1937, Japanese Tray Landscapes, se publicó en inglés, y en 1957 escribió The Art of Bonsai en inglés con uno de sus alumnos. Este libro, que discute tanto el cultivo como la propagación del bonsái, llegó a ser conocido como la «biblia clásica japonesa del bonsái para los occidentales». También se publicaron más libros en inglés, japonés y, finalmente, en otros idiomas durante las próximas décadas.
Las guarderías y clubes de bonsai también se hicieron más comunes fuera de Japón. Individuos y grupos fueron a Japón para estudiar en las guarderías japonesas de bonsai, y trajeron su nueva experiencia a los clubes locales. En 1967 se fundó la American Bonsai Association, y en 1970 se celebró en Osaka la Feria Mundial-Expo ’70. Una gran exhibición de bonsai fue parte de este evento. A medida que la década de 1970 continuó, se fundaron tres revistas mensuales de bonsai: Bonsai Sekai, Satsuki Kenkyu y Shizen to Bonsai. En 1980, la primera Convención Mundial de Bonsai se celebró en Osaka durante la Exposición Mundial de Bonsai y Suiseki. Suiseki es el arte japonés de la apreciación de la piedra; Estas piedras a menudo se asemejan a figuras o paisajes animales o humanos.
Hoy, las convenciones de bonsai se llevan a cabo en todo el mundo. Los árboles de bonsai, macetas, herramientas y suministros de jardinería están disponibles no solo en Japón, sino también en viveros especializados en todo el mundo. Hay más de 1,000 libros sobre bonsai y artes relacionadas, docenas de revistas y clubes que celebran el arte del bonsai.